Mikroflóra na skořápkách vajec svým složením odpovídá střevní mikroflóře dospělých slepic. Tato mikroflóra však nepřežívá očistu vajec a následnou inkubaci. Mikroflóra ze skořápek se tak v komerční produkci nepřenáší na kuřata a mikroflóra slepého střeva sedmidenních kuřat je od mikroflóry na skořápkách zcela odlišná. Více podrobností najdete ZDE.
Jiný materiál jsou zbytky ze skořápek po líhnutí v líhních. Tento materiál jeho mikroflóra je to první, čemu jsou právě vylíhnutá kuřata vystavena. Tato mikroflóra je odlišná od původní mikroflóry na skořápkách a liší se i od mikroflóry slepého střeva sedmidenních kuřat. Běžně je tvořena zástupci kmene Proteobacteria a to rody Pseudomonas nebo Acinetobacter. Alternativně mohou dominovat zástupci kmene Bacteroidetes a to zejména rod Chryseobacterium. V kombinaci s Chryseobacterium se vyskytuje Acinetobacter a nikoli Pseudomonas. Poslední běžná kombinace je s dominantními Firmicutes reprezentovanými Clostridium disporicum. C. disporicum bývá doplněno Enterococcus a E. coli. Z baktérií ve zbytcích skořápek se mimo ubikvitárně rozšířenou E. coli vyskytuje u kuřat pouze C. disporicum a to jako součást mikroflóry kůže a respiračního traktu.
