Zde můžete hledat vaše sekvence v genomech našich baktérií.
Po vložení sekvence ve fasta formátu dostanete informaci o její přítomnosti v genomech námi sekvenovaných baktérií. Po BLASTu je potřeba bakteriální izoláty dodatečně identifikovat v souboru ListOfStrains. V souboru ListOfStrains je více kmenů než jich je v BLAST databázi, protože některé izoláty byly identifikovány pouze pomocí MALDI Biotyper nebo sekvenováním genu pro 16S rRNA a nikoli celogenomovým sekvenováním. V případě nejasností okolo identifikace kmenů se můžete obrátit na email uvedený na hlavní stránce této web stránky. Přehled baktérií, které jsou pouze v BLAST databázi upořádané dle taxonomické příbuznosti a se základními informacemi (taxonomická klasifikace, sekvence genu pro 16S rRNA, obsah GC v genomu a celková velikost genomu) lze nalézt v tomto souboru.
NonRedundant_VRI_genomes obsahuje 509 genomů baktérií. Každý taxon je představen druhovým jménem, za kterým následuje identifikace kmene a poté podobnost uvedenému taxonu dle sekvence genu pro 16S rRNA. Po znaku “#” následují některé technické informace z celogenomového sekvenování. 509 baktérií uspořádaných dle příbuznosti dle sekvence genu pro 16S rRNA, které tvoří tuto databázi, lze nahlédnout zde, jak ve verzi rectangular, tak na druhé stránce ve verzi circular dendrogramu. Ačkoli BLAST databáze není nijak rozsáhlá, hlavním rozdílem oproti jiným BLAST serverům je, že v případě pozitivní identifikace jsou kmeny v databázi dostupné v naši laboratorní sbírce kmenů. Navíc všechny baktérie pocházejí výhradně z prostředí produkce hospodářských zvířat.
Tvorba BLAST databáze byla podpořena projektem QK23020036 ” Trvale udržitelná produkce selat do a po odstavu spojená se zvýšením welfare”.