- Kuřata z líhní nelze považovat za referenční, kontrolní skupinu
- Sběr trusu na vyšetření mikroflóry není u kuřat vhodný pro diskontinuální vyměšování tráveniny z tenkého a slepého střeva
- Jen některé baktérie kolonizují trávicí trakt po jednorázové aplikaci
- Dlouhodobá kolonizace po jednorázové aplikaci je závislá na schopnosti přežívat v prostředí – striktní anaerobové kolonizují trvale (např. Bacteroides), sporotvorní a aerotolerantní baktérie nekolonizují trávicí trakt trvale (např. Blautia nebo Lactobacillus)
O významu střevní mikroflóry pro hostitele nelze pochybovat. Přesto i výzkum v oblasti střevní mikroflóry drůbeže z renomovaných pracovišť běžně obsahuje podstatné chyby. Největší problém je v nepochopení důsledků práce s kuřaty, která se vylíhla v líhních, bez kontaktu s dospělými jedinci kura domácího. Ta jsou osídlována výhradně z prostředí, a protože prostředí je vždy odlišné, každý provedený experiment poskytuje pouze informace o tom, co se přihodilo v tomto experimentu a které je problematické dál extrapolovat. Pro experimentování s kuřaty z líhní se navíc ustanovilo zcela nesprávné dogma o postupném rozvoji střevní mikroflóry drůbeže se zvyšujícím se věkem. Nic takového objektivně neexistuje, kuřata mohou mít dospělý typ mikroflóry do dvou dnů od vylíhnutí a zmíněné dogma je jen důsledek líhnutí v líhních a absence správných zdrojů mikroflóry v prostředí kura domácího v komerční produkci.
Další problém je odběr vzorku trusu drůbeže, který naprosto ignoruje fyziologii trávení u kura domácího. Většina tráveniny postupuje z tenkého střeva rovnou do slepého střeva a je následně vyloučena. Protože průchod tráveniny u kura domácího může trvat i jen 2 hodiny od pozření, takový trus je obohacen o baktérie tenkého střeva, tedy laktobacily. Do toho ale kur domácí obvykle dvakrát denně vylučuje tráveninu ze slepého střeva. Ta má podstatně odlišné složení. Nerozlišování a nekontrolované spojování výsledků z trusu z tenkého a slepého střeva vede k vysoké variabilitě a nepoužitelnosti výstupů.
K experimentálnímu osídlování kuřat i jiných zvířat jsou používány různé baktérie. V mnoha studiích však zcela chybí specifický průkaz baktérie použité k osídlení. Naše poznatky přitom opakovaně ukazují, že většina Firmicutes po jednorázové aplikaci vůbec trávicí trakt neosídlí. Naopak skoro všechny zástupce Bacteroidetes lze podat jednorázově a tyto baktérie pak dlouhodobě kolonizují trávicí trakt kuřete. Tento stav je dán schopností střevních baktérií přežívat mimo hostitele ve vnějším, aerobním, prostředí. Baktérie, které nemají žádnou formu své existence rezistentní k působené kyslíku (Bacteroidetes), kolonizují trávicí trakt trvale. Baktérie, které dokáží ve formě spór anebo svou aerotolerancí přežívat v aerobním prostředí nekolonizují trvale, protože jsou z prostředí kontinuálně do trávicího traktu doplňovány. To má své důsledky pro výběr a použití nových typů probiotik.