Drůbež představuje specifický živočišný druh pro studium nejen střevní mikroflóry. Klíčem k pochopení problematiky je si uvědomit, že líhnutí v líhních není referenční, nýbrž extrémně experimentální stav. Líhnutí v líhních je z pohledu osídlování kuřat bakteriální flórou zcela atypický stav. Normální je líhnutí v hnízdě, v kontaktu s dospělou slepicí. U kuřat proto jako výchozí myšlenku používáme skutečnost, že střevní mikroflóra kuřat v komerční produkci v prvních dnech života je čistě environmentálního původu, což může, ale nemusí být dostačující. Pokud by se totiž kuřata vylíhla v hnízdě, hned v prvních dnech života by prostým kontaktem se slepicí a ostatními členy hejna získala střevní mikroflóru dospělých jedinců a stala by se výrazně odolnější proti běžným infekcím. Proto postupně identifikujeme baktérie, které slepice předává kuřatům přirozeným kontaktem a připravujeme z nich probiotické koktejly pro jednodenní kuřata.
Jakmile se takovými postuláty vezmou jako realita, následují úvahy a fakta jsou pak naprosto samozřejmé.
- Střevní mikroflóra kuřat z líhní se vyvíjí velmi pomalu a po celou dobu jsou kuřata velmi vnímavá k infekcím trávicího traktu.
- Střevní mikroflóra kuřat v kontaktu s dospělou slepicí se rozvíjí naprosto odlišně od kuřat z líhní. Kuřata v kontaktu se slepicí jsou během několika dnů prvního týdne života osídlena mikroflórou dospělého typu. Taková kuřata jsou od prvních dnů života odolná vůči infekcím trávicího traktu.
- Baktérie trávicího traktu, které odlišují kuřata z líhní a kuřata od slepic, lze identifikovat a získat v čistých kulturách (podrobnosti např. zde nebo zde). Z těchto kultur lze připravovat definované směsi a cíleně je poskytovat jednodenním kuřatům jako náhradu absentující slepice, tedy jako novou generaci probiotik.
Při přípravě experimentů zaměřených na studium střevní mikroflóry drůbeže je podstatné si uvědomit, zda cílem je výhradně stávající komerční produkce anebo se bude klást důraz na biologii celého systému. V prvním případě experiment proběhne na kuřatech z líhní bez jakéhokoli dalšího zásahu. Ve druhém případě bude do experimentu zahrnuto osídlení trusem dospělých slepic (ne třítýdenních brojlerů) nebo kontakt s dospělou slepicí. Skutečně záleží na cíli experimentu. Chybou ale je zcela tyto skutečnosti opomenout a při plánování experimentu se nad nimi nezamyslet.
