Bakteriální flóra v podestýlce kuřat má své specifické složení, které se v čase mění. V prvním měsíci po naskladnění kuřat v podestýlce dominují Gram pozitivní zástupci kmene Firmicutes společně s Gram negativními zástupci Proteobacteria. V dalším období jsou zástupci Proteobacteria nahrazeni baktériemi kmene Actinobacteria. Z Firmicutes je v podestýlce zastoupena zejména čeleď Staphylococcaceae (Staphylococcus, Jeotgallicoccus, Salinicoccus) a z Actinobacteria pak rody Brevibacterium, Brachybacterium, Corynebacterium nebo Dietzia. V prvním měsíci lze v podestýlce zaznamenat baktérie, které se vyskytují už v líhních ve zbytcích ze skořápek (např. Escherichia, Acinetobacter nebo Enterococcus). Tyto baktérie sice perzistují v podestýlce po celou dobu výkrmu brojlerů, nicméně dlouhodobě na toto prostředí nejsou adaptovány, postupně se jejich zastoupení snižuje a jsou nahrazovány dalšími druhy. Od třetího měsíce se v podestýlce nově objevují baktérie, které vyžadují zvýšený osmotický tlak v prostředí, jako je Salinicoccus, Dietzia nebo Virgibacillus. Poměrně běžně se v podestýlce vyskytují i různé druhy laktobacilů, což poněkud zpochybňuje nutnost jejich podávání jako probiotik – v životním prostředí kuřat jich je v naprosté většině případů dostatečné množství. Přestože to nelze vyčíst z obrázků níže, baktérie střevní mikroflóry kuřat tvoří okolo 15 % celkové mikroflóry podestýlky.
