Podobně jako na kůži, tak i v respiračním traktu (trachea) dominují různé druhy laktobacilů. Mezi další běžné baktérie v respiračním traktu patří i Ruminococcus torque, E. coli, Veillonella magna nebo Clostridium disporicum. U starších slepic lze mezi tracheální mikroflórou zachytit i Mycoplasma nebo baktérie vzdáleně příbuzné rodu Filobacterium. U mikroflóry respiračního traktu je potřeba mít na paměti, že absolutní množství baktérií je o několik řádů nižší než např. v trávicím traktu, přestože grafy demonstrující druhové zastoupení vypadají identicky a evokují mikrobiální zastoupení o stejném množství. Když jsme se pokoušeli charakterizovat i bakteriální mikroflóru v plicích, tak jsme narazili na limity a téměř jsme nebyli schopni získat jakoukoli bakteriální DNA z tohoto materiálu poukazující na mikrobiální kolonizaci plic blížící se u zdravých kuřat nule.
