Mikroflóra tenkého střeva kuřat má poměrně jednoduché složení (pro další podrobnosti zde nebo zde). Nejběžněji se v tenkém střevě vyskytují různé druhy laktobacilů, které bývají doplněny Romboutsia timonensis (čeleď Peptostreptococcaceae, někdy známa i jako Clostridium XI) a Turicibacter sanguinis (family Erysipelotrichaceae). Romboutsia timonensis je blízce příbuzná Clostridium difficile. V tenkém střevě kuřat lze zachytit i baktérie rodu Helicobacter, Fusobacterium a E. coli.
